Berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 02 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertanian serta Peraturan Menteri Pertanian Republik Indonesia Nomor 10 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis lingkup Badan Perakitan dan Modernisasi Pertanian, Balai Besar Perakitan dan Modernisasi Pertanian Tanaman Padi (BRMP Padi) ditetapkan sebagai Unit Pelaksana Teknis (UPT) di bawah Badan Perakitan dan Modernisasi Pertanian (BRMP) dan bertanggung jawab langsung kepada Kepala BPMP. Unit ini dipimpin oleh seorang Kepala, dengan pembinaan teknis dilaksanakan oleh Kepala Pusat Perakitan dan Modernisasi Tanaman Pangan.

BRMP Padi mempunyai tugas utama melaksanakan perakitan dan modernisasi pertanian tanaman padi. Dalam pelaksanaan tugas dan fungsinya, BRMP Padi didukung oleh Kelompok Jabatan Fungsional, Instalasi Pengujian dan Penerapan Standar Instrumen Pertanian (IP2SIP), Unit Pengelola Benih Sumber (UPBS), serta Manajemen Laboratorium.

Sejarah panjang BRMP Padi telah melalui berbagai fase reorganisasi sejak pertama kali berdiri:

1969–1980 : Lembaga Pusat Penelitian Pertanian (LP3)

1980–1994 : Balai Penelitian Tanaman Pangan (Balittan)

1994–2006 : Balai Penelitian Tanaman Padi (Balitpa)

2006–2022 : Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi)

2022–2025 : Balai Besar Pengujian Standar Instrumen Padi (BBPSI Padi)

2025–sekarang : Balai Besar Perakitan dan Modernisasi Pertanian Tanaman Padi (BRMP Padi)